南京中医药大学与党的统一战线素有渊源。1954年7月10-15日，中共江苏省委统战部、江苏省人民政府卫生厅联合召开江苏省第一次中医座谈会。江苏省各市、县中医界知名人士和有中医学专长者共67人参加了会议。会议提议，要积极筹办中医实验医院、中医进修学校及中医学术委员会。会上成立了江苏省中医学术研究筹备委员会，吕炳奎为主任委员，承淡安、叶橘泉、邹云翔为副主任委员。一大批名医表示愿意积极参加党和政府的工作。在此基础上，南京中医药大学的前身——江苏省中医进修学校于同年10月15日获批成立。

1984年1月24日，南中医正式设置党委统战部（与党委办公室合署办公）。全校统一战线工作由此逐步开展，多个民主党派在此前后也陆续在南中医建立基层组织：

——1983年12月，南中医召开了中国农工民主党南京中医学院支部成立大会。孙宁铨为支部主委。

——1985年6月，南中医召开中国民主同盟南京中医学院支部成立大会。任仁安为主任委员，肖盘荣为副主任委员。

——1988年5月，南中医召开农工民主党南京中医学院总支成立大会。孙宁铨为主委，蒋长庚、郁觉初为副主委。

——1991年5月，致公党南京中医学院小组正式建立。许慧琪为组长，陈伯琪为副组长。

——1991年5月，九三学社南京中医学院支社举行成立大会。开国维为主任委员，王锦鸿为副主任委员。

——1999年6月25日，民进南京中医药大学支部正式成立，黄耀洲任主任委员。

截止到2018年初，我校（包括第一附属医院、第二附属医院）已有6个民主党派在学校建立了基层组织，共有成员466人；有多人担任全国、省、市、区各级人大代表、政协委员职务。南中医历来高度重视统一战线工作，学校统战工作以及统战干部多次获得省委各项表彰。长期以来，我校的广大党外代表人士在积极参与学校的教学、科研、医疗、管理工作的同时，积极参政议政，在各个领域都做出了突出的贡献。人心是最大的政治，团结是永恒的主题。面向未来，南中医将不断巩固壮大统一战线，最充分地凝聚各界人心、智慧和共识，共同推动南中医在“十三五”期间基本建成“国际著名、国内一流”中医药大学。”